Март 1865 г. В САЩ, по време на Гражданската война, пет смелчаци-северняци бягат с балон от южняците на Ричмънд. Страшна буря хвърля четирима от тях на брега на необитаем остров в Южното полукълбо. Петият мъж и кучето му се крият в морето край брега. Тази пета - един известен Сирес Смит, талантлив инженер и учен, душата и водач на група пътешественици, неволно държи спътниците си в напрежение няколко дни, които не могат да намерят никъде нито него, нито кучето Топ, посветен на него. Бившият роб страда повече от всички, а сега верният слуга на Смит е негърът наб. В балона бяха също журналист от войната и приятелят на Смит, Гидиън Спилет, много енергичен и решителен човек с кипящ ум; моряк Пенкроф, добродушен и приключенски смелчак; Петнадесетгодишният Харберт Браун, син на капитана на кораба, на който плава Пенкроф, остава сирак и към когото морякът се отнася като свой собствен син. След уморително търсене Наб най-накрая намира своя необясним спасен домакин, на една миля от брега. Всеки от новите заселници на острова има незаменими таланти и под ръководството на Сирес и Спилет тези смели хора се събират и се превръщат в обединен отбор. Първо, използвайки най-простите средства под ръка, след това произвеждайки все по-сложни предмети на труда и стоки за бита в собствените си малки фабрики, заселниците оборудват живота си. Те ловуват, събират ядливи растения, стриди, а след това дори отглеждат домашни животни и се занимават със земеделие. Те подреждат жилища за себе си високо в скалата, в пещера, освободена от вода. Скоро, благодарение на техния труд и интелигентност, колонистите вече не знаят нуждата от храна, дрехи, топлина и комфорт. Те имат всичко, освен новини за родината си, за съдбата на които много се притесняват.
Веднъж, връщайки се в жилището си, наречено от тях Гранитния дворец, те виждат, че маймуните босат вътре. След известно време, сякаш под въздействието на безумния страх, маймуните започват да скачат от прозорците и нечия ръка хвърля въжената стълба, която маймуните издигат в къщата. Вътре хората намират друга маймуна - орангутан, която пазят и наричат чичо Юп. В бъдеще Юпе става приятел, слуга и незаменим помощник на хората.
На друг ден заселниците намират в пясъка кутия с инструменти, огнестрелно оръжие, различни уреди, дрехи, кухненски прибори и книги на английски. Преселниците се чудят откъде може да дойде тази кутия. От картата, която също се появи в полето, те откриват, че до техния остров, на картата, която не е маркирана, е остров Табор. Морякът Пенкроф няма търпение да отиде при него. С помощта на приятелите си той изгражда бот. Когато ботът е готов, всички заедно отиват на него за пробно пътешествие из острова. По време на него те откриват бутилка с бележка, в която се казва, че корабокрушеният мъж чака спасение на остров Табор. Това събитие засилва увереността на Пенкроф да посети съседен остров. Пенкроф, журналистът Гидиън Спилет и Харберт отплаваха. Пристигайки в Табор, те откриват малка барака, в която по всички признаци никой не живее от дълго време. Те се разпръскват из острова, не се надяват да видят жив човек и се опитват да намерят поне останките му. Изведнъж чуват Харбърт да крещи и се втурват на помощ. Виждат Харберт да се бори с някакво същество, отглеждано в маймуна. Обаче маймуната се оказва дивашка. Пътуващите го връзват и го транспортират до техния остров. Дават му отделна стая в Гранитния дворец. Благодарение на тяхното внимание и притеснения, дивакът скоро се превръща в цивилизован човек и им разказва своята история. Оказва се, че името му е Айртон, той е бивш престъпник, искаше да овладее ветроходния кораб „Дънкан“ и с помощта на същите дрехи на обществото се превърна в пиратски кораб. Въпреки това плановете му не са били предопределени да се сбъднат и като наказание преди дванадесет години той е оставен на необитаемия остров Тавор, така че да осъзнае своето дело и да изкупва греха си. Въпреки това собственикът на "Дънкан" Едуард Гленарван каза, че някой ден ще се върне за Айртон. Заселниците виждат, че Айртон искрено се разкайва за миналите си грехове и се опитва да им бъде полезен по всякакъв начин. Следователно те не са склонни да го съдят за минало нарушение и с готовност го приемат в обществото им. Айртон обаче се нуждае от време и затова моли за възможност да живее в коралите, които заселниците построиха за домашните си животни на известно разстояние от Гранитния дворец.
Когато ботът се върнал през бурята от остров Табор през нощта, той бил спасен от огън, който, както си мислели, плаващ върху него, разпалвал приятелите им. Оказва се обаче, че те не са участвали в това. Оказва се също, че Айртон не е хвърлил бутилка с бележки в морето. Преселниците не могат да обяснят тези мистериозни събития. Все по-склонни са към идеята, че освен тях, на остров Линкълн, докато го кръщават, има още някой, техният загадъчен благодетел, който често им идва на помощ в най-трудните ситуации. Те дори предприемат експедиция за издирване с надеждата да намерят мястото му на пребиваване. Търсенето обаче завършва безрезултатно.
Следващото лято (тъй като от времето, когато Айртон се появи на техния остров, и преди да им разкаже историята си, вече минаха пет месеца и лятото свърши, и е опасно да плавате в студения сезон), те решават да се върнат в Таворските острови да оставят бележка в колибата. В бележката те възнамеряват да предупредят капитан Гленарван, ако се върне, че Айртон и петима други пострадали жертви чакат помощ на съседен остров.
Преселниците живеят на острова си от три години. Животът им, икономиката им достигат просперитет. Те вече берат богати култури пшеница, отглеждана от едно зърно, което бе намерено в джоба на Харберт преди три години, построиха мелница, отгледаха домашни птици, напълно оборудваха жилището си, направиха нови топли дрехи и одеяла за себе си от муфлонова вълна. Спокойният им живот обаче е засенчен от един инцидент, който ги заплашва със смърт. Веднъж, гледайки морето, те виждат в далечината добре оборудван кораб, но над кораба лети черен флаг. Корабът се котва край брега. Показва красиви далекобойни пистолети. Айртон се промъква на кораба под прикритие на нощта, за да извърши разузнаване. Оказва се, че на кораба има петдесет пирата. По чудо се изплъзва от тях, Айртон се връща на брега и уведомява приятелите си, че трябва да се подготвят за битката. На следващата сутрин две кораби се спускат от кораба. На първия заселниците застрелват три, а тя се връща, втората се приземява на плажа, а шестимата останали пирати на нея се крият в гората. Оръдията са обгорени от кораба и той се приближава още по-близо до брега. Изглежда, че нищо няма силата да спаси шепа заселници. Изведнъж под кораба избухва огромна вълна и тя потъва. Всички пирати на него умират. Както се оказва по-късно, корабът е взривен от мина и това събитие най-накрая убеждава жителите на острова, че не са сами тук.
Отначало те няма да изтребят пиратите, като искат да им дадат възможност да водят спокоен живот. Но се оказва, че разбойниците не са способни на това. Те започват да ограбват и опожаряват домакинствата на заселниците. Айртон отива при коралите, за да посети животните. Пиратите го хващат и го отвеждат в пещера, където искат да го измъчват, за да се съгласят да отидат на тяхна страна с мъчения. Айртон не се отказва. Приятелите му се оказват на помощ, но са сериозно ранени в корала на Харберт, а приятелите му остават в него, неспособни да се върнат с младия мъж, който умира. След няколко дни те все още тръгват към Гранитния дворец. В резултат на прехода Харберт започва злокачествена треска, той е на смърт. За пореден път провидението се намесва в живота им и ръката на техния добър мистериозен приятел им хвърля необходимото лекарство. Харберт се възстановява напълно. Преселниците възнамеряват да нанесат последния удар на пиратите. Те отиват при коралите, където възнамеряват да ги намерят, но намират Айртон, който е изтощен и едва жив, и наблизо, труповете на разбойници. Айртон съобщава, че не знае как се озова в корала, който го изведе от пещерата и уби пиратите. Той обаче съобщава една тъжна новина. Преди седмица бандитите отидоха на море, но, не знаейки как да контролират бота, го разбиха по крайбрежните рифове. Пътуването до Табор трябва да бъде отложено до изграждането на ново превозно средство. През следващите седем месеца мистериозният непознат не се усеща. Междувременно на острова се събужда вулкан, за който колонистите смятали, че вече е мъртъв. Те строят нов голям кораб, който при необходимост би могъл да ги достави в обитаема земя.
Една вечер, вече приготвяйки се да си легнат, жителите на Гранитния дворец чуват звънец. Телеграфът, който прекараха от коралите до дома си, работи. Спешно са извикани в коралите. Там те намират бележка с молба да продължат по допълнителната жица. Кабелът ги води до огромен грот, където за тяхно учудване виждат подводница. В него те се срещат със своя господар и техния покровител, капитан Немо, индийския принц Даккар, който цял живот се бори за независимостта на родината си. Той, вече шестдесетгодишен мъж, погребал всички свои сътрудници, е близо до смъртта. Немо дава на нови приятели ковчеже със скъпоценности и предупреждава, че когато изригне вулканът, островът (такава е неговата структура) ще избухне. Той умира, заселниците затварят люковете на лодката и я спускат под водата, а те построяват новия кораб неуморно през целия ден. Те обаче нямат време да го довършат. Целият живот загива по време на експлозията на острова, от който остава само малък риф в океана. Селища, прекарали нощта в палатка на брега, са хвърлени в морето от въздушна вълна. Всички те, с изключение на Юпе, остават живи. Повече от десет дни те седят на рифа, почти умират от глад и вече не се надяват на нищо. Изведнъж виждат кораб. Това е Дънкан. Той спасява всички. Както по-късно се оказва, капитан Немо, докато ботът все още е бил непокътнат, плува върху него към Табор и оставя бележка на спасителите.
Връщайки се в Америка за бижутата, дарени от капитан Немо, приятелите купуват голямо парче земя и живеят върху него по същия начин, по който са живели на остров Линкълн.
