В деня на сватбата на Борисов на трона, болярите изчисляват плодовете на неговото царуване: потиснатото мор, завършените войни и реколтите. Те са изумени от това колко време Годунов трябваше да го убеди да поеме властта и само заплахата от отлъчване го принуди да го направи. Борис се връща от катедралата, като възнамерява да приеме посланици. Войков обявява победа над сибирския хан. Английският посланик предлага булката на Царевич Федор; папски нунций - споразумение за обединението на църквите; Австрийски, литовски, шведски, флорентински посланици с уважение молят някого за помощ с пари или войски, кой за признаване на притежанията им. Персийските и турските посланици се обвиняват взаимно в нападение над Иберия, посланикът на иберийския цар моли за защита. Царът дава подходящ отговор на всички, изпълнен с достойнство и сила, и нарежда всички да бъдат пуснати в царските палати („Няма преграда между руския народ и царя!“). Оставен сам, Борис триумфира и, спомняйки си за смъртта на княза, решава: тогава неизбежната цена за величието на държавата. Скоро след това, докато чака в манастирската килия Ирина да си подстриже косата, Борис слуша докладите на Семен Годунов на Романовите, които са недоволни от отмяната на Гергьовден; срещу Василий Шуйски, хитър и ненадежден слуга, но уверен в силите си, не иска да наказва никого. Ирина се появява, а Борис, напомняйки си за колебанията му по пътя към властта, моли да го оправдае и да признае, че благосъстоянието на Русия си струва неистината, чрез която той става цар. Ирина, одобрявайки кралството му, изисква той да не забравя вината си и да не си прощава. Оставени със своите, те се разделят.
В двореца децата на Борис, Фьодор и Ксения слушат историите на Кристиан, датския херцог, годеницата на Ксения - за грубото детство, за завръщането в съда, за битките във Фландрия с испанските войски, но когато Федор се оплаква от безделието си, Християн забелязва, че неговата позиция, която му позволява да учи управление при мъдър суверен, е много по-достойна. Кристиан разказва как е обичал Ксения от историите на посланици, търговци и затворници, които прославяха заедно с величието на Русия красотата, интелигентността и кротостта на принцесата. Те започват да говорят за Борис и всички са съгласни в любовта към царя, който забравя себе си за славата и благополучието на държавата. И тримата се кълнат да си помагат взаимно. Кристиан моли Борис, който влезе, в случай на война, да позволи на руските войски да водят, но царят е обезкуражен от мира, който идва от много години. Децата си тръгват, а Семьон Годунов, който дойде, съобщава слух за чудесно спасения княз Димитрий. В своите стаи Царина Мария Григориевна пита чиновника Власеев за християнството и, колкото и да е Жулиета Власеев, открива, че е имало чувството, че царят не е негов баща, а по-големият му брат, който сега царува, не го харесва. Не успявайки да даде обещание от чиновника да даде показания на Борис, тя се обажда на Дементьевна и с нарастващо раздразнение научава, че Ксения е седяла с брат си и младоженеца, а царят посреща нови обичаи. Царицата, която дойде при Волохов, се оплаква, че Борис грабнал Ксения за германците, без да я пита, а германците, очевидно, обърнали принцесата. Волохов се задължава да божества каква е силата на християнина и да го смаже („Има такъв корен“). В гората, в разбойническия лагер, атаман Хлопко приема ново попълване на селяните, проклинайки Борис и премахването на Гергьовден. Появява се Посадски, който без никакъв страх изисква да освободи своите спътници, пленени по пътя на Москва от разбойнически страж, и съобщава истинската новина за появата на Царевич Димитри. Посадски бие Хлоп, за да отиде в Брянск и там, след като насили войските на Царевич, получи прошка и се бие с Годунов. Митка се появява, влачейки двама избягали монаси, Михаил Повадин и Гришка Отрепьев, които молят да се присъединят към памучната армия. Когато Посадски, като развесели разбойниците, като се бие с Митка и заповяда да разточат бъчви с вино, изведнъж изчезва, се оказва, че монасите, които са ходили с него, не знаят кой е той.
Борис е принуден да признае, че появата на нов враг го тласка по кървав път. Семен Годунов, обвинен да разбере кой се крие зад името на Димитрий, казва, че не е знаел нищо с цената на изтезанията. Те търсят името на Гришка Отрепьев, беглец чудодейски монах, за да преименуват по някакъв начин врага. Борис заповядва да умножат шпионите и да намерят доказателства за Романовите, а освен това поради непрекъснатия глад, да разпределят хазната на хората, заповядвайки му да не слуша басни за княза. Царевич Федор моли да го изпрати във войските, Царевна Ксения оплаква промяната в Борис и неговата жестокост; Християнин пита дали Борис е сигурен в смъртта на Царевич и преразказва слухове. Децата си тръгват, появява се кралицата, изпълнена с каустичност и раздразнение при християнина, интерпретирайки с децата за „царя“. Кралят остава глух за искането й да изпрати християнина. Семен Годунов отчита за бързото настъпление на предателите, за прехвърлянето на войски към тях и за упоритата съпротива на Басманов. Василий Шуйски кани Борис сам да отиде при войските или да изпрати за кралицата на пристанището да даде показания за смъртта на сина си. Наредил на Шуйски да разкъсва езици на онези, които разпространяват слухове, Борис изпраща Димитри за майка си. В къщата на Федор Никитич Романов болярите Романови, Ситски, Репнин и Черкаски пият за княза. Шуйски пристига, съобщава за заповедта на Борис, разпитва се за издирването му в Углич, той отговаря смътно. Семен Годунов с стрелци, като обвини публиката, че иска да отрови суверена с отрова, взима всички в ареста, като е облякъл Василий Шуйски, за да проведе разпит. Борис, размишлявайки сам върху осъщественото предсказание („Той беше убит, но жив“), каза на Шуйски да дойде и да заяви от Мястото на челото, че сам е видял трупа на Царевич в Углич. Междувременно съветниците настояват към Кристиан, като им обясняват, че той трябва да откаже да се ожени за Ксения, че Борис се е предал от страх, че Ксения е дъщеря на злодей и слуга. Кристиан, усещайки приближаващата се светлогласа, вярвайки във вината на Борис, не знае какво да реши. Ксения идва, а той, объркан в думи и мисли, говори за неизбежната раздяла, а след това я призовава да избяга от него от бащата убиец. Фьодор, който тихо е влязъл, се застъпва за баща си, те ще се бият, Ксения, плаче, напомня за клетвата, дадена една на друга. Кристиан се възторгва и, смятайки го за болен, Ксения и Федор го отвеждат.
На Червения площад детективите слушат разговори между хора, тръгнали от реквиема за Царевич Димитри (там е провъзгласена анатемата на Гришка). Провокирайки, тълкувайки речта по подходящ за тях начин, детективите грабват почти всички подред. Василий Шуйски от Мястото на екзекуцията прави двусмислена реч за настъпващия враг и говори за издирването в Углич, така че да остане неясно кой е убитото бебе. По това време майката на принца, донесена от манастира, сега монахинята Марта, чакаща Борис и искаща отмъщение, решава да признае самозванеца като син; тя казва, че не е видяла мъртвия си син, изгубила чувства, а на поменната служба сълзите й покрили очите. Сега, като чу за знаците на появилия се Царевич, той признава, че по чудо бил спасен и жив. Царица Мария Григориевна, искаща да осъди измама, въвежда Волохов. Мъката, която стисна Марта при вида на убиеца на сина й, я предаде, но тя отказва да признае публично смъртта на Деметрий. Скоро лекарят докладва на Борис за влошаването на здравето на Кристиан и неговата импотентност. Семен Годунов носи писмо от Димитрий Йоанович, в което Борис е най-депресиран от обещаната милост в случай на доброволно отказ от престола и следователно доверието на крадеца в универсална подкрепа. Борис изисква да донесе късокос Клешнин, за да е сигурен в смъртта на княза. Името му е християнско и скоро информира Ксения и Федор за смъртта му.
Двама пазачи, носещи нощна охрана в тронната камера, се крият от страх, когато се появи безсънният Борис. Някой си представя нечий образ на престола и, като намери изпратените, той ги изпраща, за да провери кой седи там. Семен Годунов извежда Клешнин, който потвърждава смъртта на Димитрий, припомня, че срокът на царуването на Борисов, предвиден от влъхвите, приключва, кани го да се покае и да замине за манастира. На сутринта, след като получи информация от Басманов, който пристигна за частична победа над „крадеца”, Борис казва на Федор за необходимостта да се оженят за трона и за клетвата, пред която ще бъдат внесени болярите. Федор изоставя трона, тъй като не е сигурен, че „крадецът“ не е Димитрий. Борис смислено предлага да представи на Федор безспорните доказателства за смъртта на Царевич, а той, разбрал за престъплението на баща си, с ужас отказва доказателства и заявява, че ще приеме короната. В трапезарията, в очакване на Басманов и царя, болярите ругаят и двамата и обменят новини за "княза". Басманов влиза, оплаквайки се от неговото неподходящо отлъчване. Борис се появява с децата. Борис награждава Басманов. Болярите, забелязвайки тъгата на Ксения, я съжаляват и се чудят какво да правят с нея, „когато той дойде в царството“. Борис изисква клетва за вярност на Федор и одобрението на тази клетва в катедралата, губи сила и пада. С общо объркване той заявява, че причината за смъртта му не е отрова, а скръб, завещава на болярите да спазват клетва, припомня, че „само злото ще се роди от зло” и, обявявайки Федор за цар, заминава