В работата - две сюжетни линии, всяка от които се развива самостоятелно. Първото действие се развива в Москва през няколко майски дни (дни на пролетното пълнолуние) през 30-те години. XX век, второто действие също се провежда през май, но в град Йершалай (Йерусалим) преди почти две хиляди години - в самото начало на нова ера. Романът е изграден по такъв начин, че главите на основната сюжетна линия се преплитат с главите, съставляващи втората сюжетна линия, а тези вмъкващи глави са или глави от романа на господаря, или историята на очевидец на събитията от Воланд.
В един от най-горещите майски дни в Москва се появява някой Воланд, представящ се за специалист по черна магия, но всъщност той е Сатана. Той е придружен от странна свита: хубава вещица-вампир Гела, нахалният тип Коровиев, известен още като Фагот, мрачният и зловещ Азазело и забавната тлъста дебелина Бехемот, която в по-голямата си част се появява пред читателя под прикритие на черна котка с невероятни размери.
Първите, които се срещат с Воланд на Патриархските езера, са редакторът на дебелото художествено списание Михаил Александрович Берлиоз и поетът Иван Бездомни, които написаха антирелигиозна поема за Исус Христос. Воланд се намесва в техния разговор, твърдейки, че Христос наистина съществува. Като доказателство, че има нещо извън човешкия контрол, Воланд прогнозира, че руско комсомолско момиче ще отреже главата на Берлиоз. В очите на шокиран Иван Берлиоз веднага попада под трамвая, който се контролира от комсомолско момиче, а главата му е отсечена. Иван безуспешно се опитва да гони Воланд, а след това, като се яви в Масолит (Московска литературна асоциация), толкова объркано излага последователността на събитията, че е отведен в крайградската психиатрична клиника на проф. Стравински, където се среща с главния герой на романа - майстора.
Воланд, пристигайки в апартамент номер 50 на къща 302 bis на улица Садовая, която покойният Берлиоз заема с режисьора на театъра Вариете Степан Лиходеев, и намирайки последния в състояние на тежък махмурлук, му представя договор, подписан от него Лиходеев, за представлението на Воланд в театъра, и след това го прогонва от апартамента, а Стьопа неописуемо се озовава в Ялта.
Никанор Иванович Босой, председател на жилищното партньорство с № 302 бис, пристига в апартамент № 50 и намира Коровиев, който моли да наеме този апартамент на Воланда, тъй като Берлиоз почина, а Лиходеев беше в Ялта. След много убеждения Никанор Иванович се съгласява и получава от Коровиев, в допълнение към таксата, предвидена в договора, 400 рубли, които той крие във вентилация. В същия ден те дойдоха при Никанор Иванович със заповед за арест за съхранение на валутата, тъй като тези рубли се превърнаха в долари. Зашеметеният Никанор Иванович попада в същата клиника на проф. Стравински.
По това време финансовият директор Вариете Римски и администраторът Варенуха безуспешно се опитват да намерят изчезналия Лиходеев по телефона и се недоумяват, получавайки от него телеграми от Ялта, молейки го да изпрати пари и да потвърди самоличността му, тъй като той е изоставен в Ялта от хипнотизатора Воланд. Решил, че това е глупавата шега на Лиходеев, Римски, като събра телеграми, изпраща Варенуха да ги вземе „където е необходимо“, но Варенуха не успява да го направи: Азазело и котката Бехемот, хващайки го за ръцете, доставят Варенуха в апартамент № 50 и от целувка голата вещица Гела Варенуха е лишена от чувства.
Вечерта на сцената на театъра Вариете започва спектакъл с участието на големия маг Воланд и свитата му. Фагот с изстрел с пистолет предизвиква паричен дъжд в театъра и цялата зала улавя падащите парчета злато. Тогава на сцената се отваря „дамски магазин“, където всяка жена от седналите в залата може да се облича безплатно от главата до петите. Опашка е подредена точно там, но в края на спектакъла червенонецът се превръща в парчета хартия и всичко, закупено в „дамския магазин“, изчезва без следа, принуждавайки лековерните жени да се втурват по улиците в бельото си.
След представлението Римски се задържа в кабинета си и към него е превърната целувката на Гела във вампир Варенуха. Виждайки, че не хвърля сянка, Роман е смъртно уплашен и се опитва да избяга, но вампирът Гела идва на помощ на Варенуха. С ръка, покрита на трупни петна, тя се опитва да отвори болта на прозореца, а Варенуха пази на вратата. Междувременно идва сутрин, чува се първият вик на петел и вампирите изчезват. Без да губи нито минута, Римски моментално сивееше в такси, се втурна към гарата и тръгна с експресен влак до Ленинград.
Междувременно Иван Бездомни, след като се срещна с Учителя, му разказва как се е срещал със странния чужденец, убил Миша Берлиоз. Господарят обяснява на Иван, че се е срещал на патриарсите със сатана и разказва на Иван за себе си. Неговата любима се наричаше любимата му Маргарита. Като историк по образование той работи в един от музеите, когато изведнъж неочаквано спечели огромна сума - сто хиляди рубли. Остави работата си в музея, нае две стаи в мазето на малка къща в една от арбатските платна и започна да пише роман за Понтий Пилат. Романсът беше почти завършен, когато случайно срещна Маргарита на улицата и любовта удари и двете моментално. Маргарита беше омъжена за достоен човек, живееше с него в имение на Арбат, но не го обичаше. Всеки ден идваше при господаря. Аферата се приближи до края и те бяха щастливи. Накрая романът бил завършен и майсторът го занесъл в списанието, но те отказали да го отпечатват там. Откъс от романа обаче беше отпечатан и скоро във вестниците се появиха няколко опустошителни статии за романа, подписани от критиците Ариман, Латунски и Лаврович. И тогава господарят усети, че се разболява. Една вечер той хвърли роман във фурната, но избягала, разтревожена, Маргарита грабна последната купчина чаршафи от огъня. Тя си тръгна, взела ръкописа със себе си, за да се сбогува със съпруга си и да се върне при любовника си завинаги сутринта, но четвърт час след като тя си тръгна, те почукаха на прозореца - разказвайки на Иван неговата история, на това място Учителят понижава гласа си на шепот - и сега няколко месеца по-късно, през зимна нощ, когато дойде в дома си, намери стаите си заети и отиде в нова крайградска клиника, където живее вече четвърти месец, без име или фамилия, просто пациент от стая 118.
Тази сутрин Маргарита се събужда с усещането, че нещо предстои да се случи. Изтривайки сълзите си, тя прелиства чаршафите на овъгления ръкопис, разглежда снимката на майстора и след това отива на разходка в Александърската градина. Тук Азазело сяда при нея и я уведомява, че определен благороден чужденец я кани на гости. Маргарита приема поканата, защото се надява да научи поне нещо за Учителя. Вечерта на същия ден Маргарита, събличаща гола, търка тялото с крема, който й даде Азазело, става невидима и лети през прозореца. Преминавайки покрай къщата на писателя, Маргарита подрежда маршрута в апартамента на критик на Латунски, който според нея уби майстора. Тогава Маргарита среща Азазело и я води в апартамент № 50, където тя се среща с Воланд и останалата му свита. Воланд моли Маргарита да бъде кралицата на бала му. В замяна той обещава да изпълни нейното желание.
В полунощ започва пролетната топка за пълнолуние - голямата топка при Сатана, на която измамници, палачи, злоупотреби, убийци - престъпници от всички времена и нации; мъжете са с кожуси, жените са голи. В продължение на няколко часа голата Маргарита поздравява гостите, излагайки ръка и коляно за целувка. Накрая балът свърши и Воланд пита Маргарита какво иска като награда за това, че е домакинята на бала. И Маргарита моли незабавно да върне господаря при нея. Веднага се появява майстор в болнично облекло и Маргарита, след като се консултира с него, моли Воланд да ги върне в малка къща на Арбат, където те са щастливи.
Междувременно една московска институция започва да се интересува от странни събития, случващи се в града, и всички те се подреждат в логично ясно цяло: тайнственият чужденец Иван Бездомни, сесията за черна магия в Variety, доларите на Никанор Иванович и изчезването на Римски и Лиходеев. Става ясно, че всичко това е дело на една и съща банда, ръководена от тайнствен магьосник, а всички следи от тази банда водят до апартамент номер 50.
Сега се обръщаме към втория сюжет на романа. В двореца на Ирод Велики прокуристът на Юдеите Понтий Пилат разпитва арестувания Йешуа Га-Нозри, осъден от Синедриона за обида на властта на Цезар и тази присъда е изпратена за одобрение на Пилат. Разпитвайки арестувания, Пилат разбира, че пред него не е разбойник, подбуждащ хората към неподчинение, а скитащ философ, който проповядва царството на истината и справедливостта. Римският прокурор обаче не може да пусне мъжа, обвинен в престъпление срещу Цезар, и потвърждава смъртната присъда. След това се обръща към първосвещеника на еврейския Кайф, който в чест на предстоящия празник на Великден може да освободи един от четиримата престъпници, осъдени на смърт; Пилат моли да бъде Га-Нозри. Кайфа обаче му отказва и освобождава разбойника Вар-Равван. На върха на Лисая гора има три кръста, на които осъдените са разпнати. След като тълпата зрители, придружаващи шествието до мястото на екзекуцията, се завърна в града, на Балд планина остава само ученик на Йешуа Леви Матвей, бивш събирач на данъци. Палачът намушква измъчените затворници и внезапна пропаст пада върху планината.
Прокуристът се обажда на Афрания, ръководителя на секретната му служба, и го инструктира да убие Юда от Кириат, който получи пари от синедриона, тъй като му позволи да арестува Йешуа Га-Нозри в къщата си. Скоро млада жена на име Низа се предполага, че случайно се среща с Юда в града и прави среща извън града в Гетсиманската градина, където е нападната от непознати хора, намушкала го с нож и извадила портфейла си с пари. След известно време Афраний съобщава на Пилат, че Юда е намушкан до смърт и чувал с пари - тридесет тетрадрахми - е хвърлен в къщата на първосвещеника.
Леви Матвей е доведен при Пилат, който показва на прокурора пергамента с проповедите на Га-Нозри. „Най-сериозният порок е страхливостта“, гласи прокурорът.
Но обратно към Москва. По залез слънце на терасата на една от московските сгради се сбогуват с град Воланд и неговата свита. Изведнъж се появява Леви Матвей, който предлага на Воланд да вземе господаря при себе си и да го награди с мир. "И защо не го заведете на светло?" - пита Воланд. „Не е заслужил светлината, заслужил е мир“, отговаря Леви Матвей. След известно време Азазело идва в къщата при Маргарита и господаря и носи бутилка вино - подарък от Воланд. След като пият вино, господарят и Маргарита падат без чувства; в същия миг започва сътресението в къщата на скръбта: пациентът почина от номер номер 118; и в този момент в имение на Арбат младата жена внезапно побелява, стиснала сърцето си и пада на пода.
Вълшебните черни коне пренасят Воланд, свитата му, Маргарита и Господаря. „Вашият роман беше прочетен - казва Воланд на Учителя, - и бих искал да ви покажа своя герой.“ Около две хиляди години той седи на този сайт и вижда насън лунен път и иска да върви по него и да говори с скитащ философ. Сега можете да завършите романа с една фраза. " "Безплатно!" Той те чака! " - вика майсторът и над черната бездна светва необятен град с градина, към която се простира лунният път, а прокуристът бързо се движи по този път.
"Сбогом!" - крещи Воланд; Маргарита и господарят минават по моста над потока, а Маргарита казва: "Ето вечният ви дом. Тези, които обичате, ще дойдат при вас вечер, а през нощта ще защитя съня ви."
И в Москва, след като Воланд я напусна, разследването по делото за престъпна банда продължава дълго време, но мерките, предприети за залавянето й, не дават резултати. Опитните психиатри заключават, че членовете на бандата са били безпрецедентни хипнотизатори. Минават няколко години, събитията от онези майски дни започват да се забравят и само проф. Иван Николаевич Понирев, бившият поет Бездомни, всяка година, само когато пролетното празнично пълнолуние залязва, се появява на езерата на Патриарха и седи на същата пейка, където за първи път срещна Воланд, и след това, вървяйки по Арбат, той се връща у дома и вижда същия сън, в който и Маргарита, и господарят, и Йешуа Га-Нозри, и жестокият пети прокурор на Юдея, ездачът Понтий Пилат.