Събитията на пиесата се случват в Египет, в град Александрия, в края на управлението на XIII династия, през 48 г. пр.н.е. Легионите на Цезар влизат в Египет. Градът е в паника. Кралица Клеопатра, шестнадесетгодишно момиче, изчезна. Не могат да я намерят никъде.

По това време самият Юлий Цезар в пустинята минава покрай малко копие на Сфинкса и вижда Клеопатра да спи на гърдите на каменна статуя. Събужда се, казва, че е кралицата на Египет и кани Цезар, когото тя нарича „стареца“, да се качи в нея и също да се скрие от римляните. Клеопатра лудо се страхува от тях. Цезар признава, че е римлянин, и казва, че ако момиче направи всичко, както той казва, Цезар няма да я обиди. Клеопатра обещава да му стане роб и да му се подчини във всичко. След това яростно си проправят път през пустинята към двореца.

Клеопатра е изключително плаха в двореца. Тя се страхува да дава заповеди на роба, трепери пред бавачката си Фтататита. Цезар я учи да се държи царствено, да командва и да се принуждава да се подчинява. Клеопатра придобива вкус и вече мечтае как ще „нахрани“ робите си с отрова и ще ги хвърли по Нил, за да бъдат разкъсани на парчета от крокодили. Цезар я моли да не се увлича. Въпреки това тя все още много се страхува от Цезар. Когато римските войници влизат в двореца и поздравяват човека до себе си с думите: „Слава на Цезар!“, Клеопатра внезапно получава своето мнение и с облекчение, ридае, попада в прегръдките му.

Цар Птолемей Дионис (десетгодишно момче, брат на Клеопатра и нейната съперница) и неговият настойник Потин влизат в долната зала на двореца. Те са придружени от Теодот, наставника на царя, Ахил, неговият военен водач и придворни. Птолемей по подкана на Потин се опитва да изрази недоволството си от нахлуването на Цезар и поведението на Клеопатра. Цезар влиза в стаята, придружен от римския офицер Рутий и неговия секретар, британец, британец по националност, облечен в синьо. Цезар не е склонен да пролива кръв в Египет, но той изисква да му се изплати част от сумата, която Египет трябва да даде на Рим според старото споразумение между Цезар и бившия цар на Египет за факта, че веднъж Цезар е помогнал за възстановяването на трона. Клеопатра, която реши да се държи като кралица, се затича към брат си, свали го от трона и самата тя седи на негово място. Цезар, докоснат от мъка на момчето, нежно го успокоява.

Египетските придворни и военни водачи изискват Цезар да напусне земята им, но той отговаря, че ще направи това едва след като Клеопатра стане кралица. Той позволява на всички египтяни да се оттеглят, за голямо възмущение на своите сътрудници, и предупреждава, че няма да може дълго да сдържа Рут и неговите войници, а тези, които не искат да извадят мечовете от ножницата им. Потин горчиво оплаква римската справедливост, липсата на признателност у римляните. Цезар е на загуба. Той не разбира какво е заложено. Тогава Потин моли Луций Септимий да напусне, който казва, че е убил републиканския Помпей, който е искал да победи Цезар. Цезар е учуден, ужасен е от престъплението на Луций Септимий.

Египтяните заминават. Цезар остава с Клеопатра, която го укорява с прекомерна чувствителност. Тя също така му разказва как баща й успял да възвърне трона. И му помогна красив младеж, който пристигна от Рим с много конници. Тогава Клеопатра беше само на дванадесет години, тя се влюби в този млад мъж. Тя е много изненадана, когато Цезар разказва, че именно той изпратил Марк Антъни да помогне на баща си. Цезар й обещава, че ако тя желае, той ще му я изпрати.

Цезар заповядва на Рутий да изгори няколко римски кораба, които са в западното пристанище, и сам да вземе всички лодки, които са в източното пристанище, и да завземе Фарос, остров със фар. Потин идва при Цезар и ще му изрази исканията на египтяните. Този път Цезар го пленява. Тогава Теодот нахлува вътре и в изключително вълнение съобщава, че огънят от римски кораби се е разпрострял до Александрийската библиотека, свещеникът на светите египетски цивилизации. Цезар го съветва да се обади за помощ, за да потуши огъня на Ахил и неговата армия. (Затова той планира да отклони вниманието на Ахил от превземането на остров Фарос от римляните.) Цезар си облича бронята и оставя да участва в превземането на Фарос. Клеопатра го моли да бъде внимателен.

След заминаването на Цезар на насипа, където стоят римските стражи, се появява Аполодор, сицилианец, патриций, любител на изкуството. Той носи персийски килими в двореца, като иска Клеопатра да избере някои от тях. Самата кралица изтича от двореца. Тя иска веднага да се качи в лодка и да отплава към Цезар. Охраната обаче не й позволява да направи това. Това противоречи на заповедта на Цезар. Тогава Клеопатра моли Аполодор с лодка да достави на Цезар красив персийски килим като подарък от нея и да получи разрешение тя да отплава до острова при него. Тя тича да вземе килим. Скоро портиерите носят подарък от двореца, слагат го на лодка и Аполодор отплава от брега. Когато лодката вече е далеч от охраната, Ftatatita саркастично го уведомява, че е пропуснал Клеопатра, тъй като тя въпреки това е влязла в лодката, обвита в килим.

Лодка плава към острова. По това време някой хвърля тежка торба във водата, носът на лодката се счупва и тя потъва. Аполодор едва успява да извади килима от водата. Докато Цезар, британецът и Руфий ентусиазирано наблюдават Аполодор и неговото бреме, египтяните кацнаха на брега. Римляните и Клеопатра могат да плуват само. Цезар плува, носейки Клеопатра на гърба си. Скоро към тях се приближава лодка и те се придвижват на борда.

Следващите събития се развиват през март 47, тоест шест месеца след първоначалните събития. Потин, все още държан в плен на Цезар и живеещ в двореца, търси публика с Клеопатра и по време на това тя се държи покорно и с уважение, понякога се опитва да настрои кралицата срещу Цезар, но Клеопатра го прогонва. Той отива при Цезар и няма търпение да го възстанови срещу Клеопатра, но няма време да направи това, защото самата кралица влиза, отивайки да вечеря с Цезар, Аполодор и Рутий. Цезар моли Потин да каже това, което е искал да каже, или да си тръгне, защото ще му даде свобода. Потин, след известно объркване, започва да го вдъхновява, че Клеопатра иска да управлява Египет сам и с цялото си сърце чака неговото заминаване. Клеопатра възмутено твърди, че това е лъжа. Цезар обаче открива, че дори и това да е така, тогава би било съвсем естествено. Той моли Потин да си тръгне и повтаря, че е свободен. Клеопатра кипи от гняв и тихо заповядва на Фтат да убие Потин, преди да напусне двореца. На обяд всеки изведнъж чува писък и звук на падащо тяло. Луций Септимий влиза и уведомява Цезар, че Потин е убит и градът полудял, тъй като Потин бил любимец на гражданите. Клеопатра признава, че е наредила да убие Потин заради клеветата му. Руфий и Аполодор одобряват нейния акт. Цезар обаче казва, че сега няма да може да защити живота на кралицата от ядосаните египтяни. Луций Септимий го успокоява. Той съобщава, че подкрепления са пристигнали при римляните - армията на Митридатите от Пергамон. Цезар отива да се срещне с Митридат. Преди да напусне, Рутий тихо намушква Ftatatita като дива тигрица, която може да атакува всеки момент, както по-късно обяснява постъпката си на Цезар. Той го одобрява. Римските войски разбиват египтяните, цар Птолемей се удавя в реката, а Клеопатра става суверенният владетел.

Цезар се готви да отплава за Рим. Преди да напусне Египет, той напуска Руфиус като управител. Клеопатра повтаря обещанието си да изпрати Марк Антъни.