Осемнадесет годишният Кейл Уилямс, умен от години и добре четен, след смъртта на родителите си, бедни селяни, които са живели във владенията на богат сквайър Фердинанд Фокленд, става негов секретар.
Странното поведение на Фокланд, което води уединен начин на живот и често изпада в мрачна замисленост, последвано от изблици на гняв, води младежа до идеята, че някаква мистерия измъчва господаря му. Според самия Калеб основната движеща сила, която ръководеше целия му живот, винаги беше любопитството. Разпитващият ум на младежа го подтиква да стигне до дъното на мотивните причини и скритите мотиви във всичко и той търси обяснение на факта, че Фокланд е измъчван по този начин.
Колинс, управител на имението, по молба на Калеб, му разказва трагичната история на своя господар.
В младостта си Фокланд е бил вдъхновен от амбициозните романтични мечти за героични дела. Пътувайки в Италия, той многократно доказваше своята смелост и благородство. Връщайки се няколко години по-късно в Англия, той се установява в семейното си имение. В лицето на собственика на земята Барнаба Тиррел, най-близкият му съсед. Фокланд намери смъртен враг.
Тиррел, човек със забележителна физическа сила, груб, тираничен и неуравновесен, използван за да властва върховен в местното общество: никой не смееше да спори срещу него в нищо. С идването на Фокланд, който не само благоприятно се различаваше от Тирред по интелигентност и любезност, но въпреки липсата на физическа сила, не му отстъпваше в смелостта, ситуацията се промени драстично: Фокланд стана душата на обществото. Искайки да сложи край на безсмислената вражда от страна на Тиррел и се страхуваше от трагичен изход, Фокланд направи опити да се доближи до него, но още повече намрази противника си. За да си отмъсти на Фокланд, Тиррел реши да се ожени за горката си роднина, госпожица Емили Мелвил, която живееше в къщата му, за Гримс, един от неговите закачалки. Емили обаче отказа. Сърцето на момичето вече принадлежеше на Окланд, който я спаси от предстояща смърт по време на пожар в селото, в което тя беше на гости. Когато Гримс по настояване на Тиръл се опита да я опозори. Фокленд отново спаси момичето, като изостри яростта на портата му. Тогава Тиръл вкара Емили в затвора по абсурдното обвинение, че тя му дължи голяма сума пари. В затвора умира нещастно момиче, чието здраве беше подкопано от нервен срив поради постоянния тормоз на братовчедка му, въпреки най-добрите усилия на Фокланд да я върне към живот.
След смъртта на Емили всички се обърнаха към Тирред и той, обиден и унижен, но изобщо не се разкайваше за своите зверства, се появи неканен на публична среща и жестоко бие Фокланд с всички. Тиррел беше изтласкан през вратата, Фокленд скоро напусна срещата и след известно време наблизо откриха окървавения труп на Тирел. Процесът, пред който Фокленд произнесе блестяща реч, безусловно го намери за виновен в убийството. Хокинс, бившият наемател на Тиръл, беше смятан за виновен за тази смърт. Хокинс имаше причини да мрази бившия си господар, който от чиста тирания го доведе до бедност и скри сина си в затвора. Открити са доказателства, свидетелстващи срещу Хокинс, и той е обесен със сина си, който избяга от затвора точно преди убийството на Тиррел.
Тук Колинс завършва своята история. Тези събития, разказва той на младия Калеб, дотолкова повлияли на Фокланд, че той се променил драматично: той престанал да бъде в обществото, станал строг отшелник. Въпреки добротата към другите, той винаги е студен и сдържан, а обичайното му мрачно настроение понякога се заменя с пристъпи на ярост и тогава изглежда като луд.
Историята на мениджъра прави толкова силно впечатление на млад мъж, надарен със страстно въображение, че постоянно размишлява върху историята на своя господар. Внимателно анализирайки всичките му подробности, той заключава, че Хокинс не би могъл да бъде убиец на Тиррел. Писмото на Хокинс до Фокланд, случайно открито от Калеб, който съчувства на бедния наемател и се опита да го спаси от преследването на Тиррел, превръща спекулациите в твърда увереност. Убиецът Фокленд ли е?
Калеб започва да го наблюдава, забелязвайки и най-малките му духовни движения. Разговаряйки с Фокленд по абстрактни теми, младежът се опитва да насочи разговора в посоката, от която се нуждае, с надеждата, че Фокленд ще се раздаде с неразумна дума или жест. Желанието на Калеб да научи тайната на господаря си на всяка цена се превръща в истинска мания, той губи всякаква предпазливост и води опасна игра почти открито с господаря си: с фино обмислени въпроси и уж случайни намеци, той кара Фокланд почти до лудост.
Накрая Фокланд признава на Калеб, че той, Фокланд, истинският убиец на Тиръл, е причинил смъртта на невинно осъдените Хокинс. Но Фокленд не е разбит от поражение. Той предупреждава младежа, че ще му се плати за ненаситното му любопитство: няма да го изгони от служба, но винаги ще го намрази и ако Калеб сподели тайна с някого, нека обвинява себе си.
Младият мъж осъзнава, че всъщност е станал пленник на Фокланд. По време на службата си Калеб расте духовно и се оформя като личност, макар и на висока цена. Увлечен в постоянен мониторинг и анализ на поведението на Фокленд, младежът се научи да контролира своите чувства и воля, умът му стана остър и проникващ, но напълно изгуби лекотата и бодростта на младостта си. Покланяйки се на високите добродетели на Фокланд, характера и мисленето на които той старателно е изучавал, Калеб осъзнава колко опасен може да бъде човек, принуден да признае за престъпление.
Калеб и Фокленд сякаш размениха места. Сега Фокленд ревниво наблюдава всяка стъпка на Калеб и той започва да бъде обременен от липсата на свобода. Валентин Форстер, по-големият брат на майката на Фокенд, посещава имението. Форстър симпатизира на младежа, а Калеб му намеква, че е обременен от службата на господаря си.
Млад мъж моли Форстър за ходатайство в случай на преследване от Фокланд. Но той осъзнава, че младежът иска да се изплъзне изпод силата си, и изисква Калеб да прекрати всяка комуникация с Форстър. Той подкрепя иска си със заплахи и Калеб решава да избяга. Форстър изпраща слуга след него с писмо, в което го убеждава да се върне в имението на брат си. Калеб се завръща, но хитрият Фокленд го обвинява, че го е ограбил за голяма сума пари. В присъствието на Форстър и слугите Фокланд дава неверни доказателства за вината на Калеб и младежът е отведен в затвора. Той се опитва да избяга, но само вторият опит му връща свобода.
Калеб почти умира от ръцете на разбойниците, но техният водач Реймънд, който не е непознат за благородството, го спасява и го взема под своя закрила. Злите и алчни Джайни, които ограбиха и раниха беззащитния Калеб, Реймънд прогонва от бандата. Младият мъж живее сред разбойниците в гъсталака на гората, в старите руини, където във фермата е ужасна старица, от която местните се страхуват и смятат за вещица. Тя мрази Калеб, защото заради него те изгониха Джейнс, който използва нейното местоположение. Младият мъж не участва в набези на банди, напротив, увещава разбойниците и техния водач да се откажат от кражбите и да стъпят на честния път.
Междувременно в района бяха разпространени листовки, описващи появата на опасния престъпник Калеб Уилямс: за залавянето му беше определена награда от сто гвинеи. Младият мъж осъзнава, че старата жена, която вече е посегнала на живота му, иска да го даде на властите, и напуска бандата. Той се дегизира като просяк и се опитва да отплава до Ирландия, но двама детективи го хващат, погрешно го бъркат за един от измамниците, ограбили пощата, а Калеб почти отново отиде в затвора.
Младият мъж заминава за Лондон. Първо, той постоянно сменя дрехите и внимателно променя външния си вид. Тогава той се преструва на беден и осакатен юдейски младеж (за това Калеб носи изкуствена гърбица под якето си) и започва да си изкарва прехраната от литературно произведение. Той обаче е проследен от Джайнс, който преди да се присъедини към разбойническата банда, беше детектив, а след изгнание от нея се върна в предишния си занаят. Младежът попада в същия затвор, от който е избягал. В отчаяние той казва на съдиите, че не е виновен за нищо, а бившият му господар Фокленд умишлено го обвини в кражба. За първи път в своето изпитание Калеб обявява, че Фокланд е престъпник и убиец. Но съдиите се страхуват, че сиромахът решава да обвинява богатия джентълмен, и отказват да слушат показанията на младежа. Въпреки това, когато нито Фокленд, нито Форстър са в съдебното заседание по случая с Калеб Уилямс, младежът е освободен.
Фокланд, който с помощта на джайните, които той дълго време наемаше, следваше всяка стъпка на Калеб, му предлага сделка: младият мъж трябва да подпише хартия, която да гарантира, че Фокланд е невинен за убийството на Тиррел, а след това Фокланд ще остави младежа на мира. Но Калеб, принуден да се отчайва от преследването на бившия си господар, въпреки това отказва възмутено, не желаейки да стане инструмент за несправедливост. За учудване на младежа Фокланд не се опитва да го вкара отново в затвора и дори му превежда пари чрез слугата.
Калеб заминава за Уелс и живее в малко градче, където оправя часовници и преподава математика. Обаче и тук отмъщението на Фокланд го настига: внезапно и без никакво обяснение всички приятели на Калеб се отвръщат от него и той остава без работа.
Калеб напуска Уелс, за да замине за Холандия, но Джейнс го проследява и съобщава, че Фокланд ще прибегне до крайни мерки, ако младежът се опита да напусне Англия. Калеб се скита из страната, никъде не намира убежище. И накрая, той взема решение: светът трябва да научи за своите изпитания и ужасната истина за техния главен виновник. Младият мъж описва подробно историята на своите нещастия и пристига в града, където живее Фокланд. Той идва при съдията, призовава се и изисква да образува производство срещу бившия си господар, извършил убийството. Съдията неохотно се съгласява да проведе частно разследване в присъствието на Фокланд и няколко господа.
Калеб произнесе страстна реч, в която възхвалява благородството и ума на Фокланд и упреква себе си, че не е отворил сърцето му навреме, Фокланд е убиец, но той извърши престъпление, като сляпо отмъсти за унижението си. Продължавайки да живее за призрака на изгубена чест, Фокланд продължи да върши добро и доказа, че заслужава всеобща любов и уважение, а той, Калеб, е достоен само за презрение, че неволно обвинява такъв красив човек, който е бил принуден да преследва бившия си слуга.
Фокленд е шокиран. Той признава, че Калеб триумфира в тази неравна борба, проявявайки благородство, което той, Фокланд, за съжаление не е познавал в него преди. Фокленд оплаква, че поради прекомерното си подозрение не е оценил младия мъж. Фокланд признава вината си пред присъстващите и умира след три дни. Калеб в отчаяние: излагането на Фокланд не му донесе желаното освобождение от страданието. Младият мъж се смята за убиец на Фокланд и отсега нататък ще бъде измъчван от разкаяние. Прокълвайки човешкото общество с горчивина, Калеб в своите бележки казва, че това е „блатиста и гнила почва, от която всеки благороден изстрел, израстващ, поглъща отровата“. Калеб завършва записките си с извинението на Фокленд, изразявайки надеждата, че благодарение на тях историята на тази благородна душа ще бъде разбрана докрай.
