В къщата на Иван Петрович Шуйски, в присъствието на много духовници и някои боляри, те решават да се разведат с Фьодор Йоанович с царицата, сестрата на Годунова, благодарение на когото Борис е държан по всякакъв начин. Те съставят хартия, където, спомняйки си безплодието на кралицата и детството на Димитрий, молят царя да сключи нов брак. Головин намеква на Шуйски за възможността да постави Димитрий на мястото на Федор, но получава строг отпор. Принцеса Мстиславская носи гости наоколо, пие здравето на Федор. Шаховски, младоженецът на Мстиславская, сватовникът Волохов нарича мястото на тайната среща. Иван Петрович изпраща петиция до митрополита, оплаква се необходимостта от унищожаване на кралицата. Федюк Старков, икономът му, докладва за видяното от Годунов. След като получи от Углич информация за връзката на Головин с Нагими и вижда заплаха за неговата власт, той съобщава на своите привърженици Луп-Клешнин и княз Туренин за решението да се помири с Шуйски. Фьодор пристига, оплаквайки се на изкълчен кон. Появява се Царина Ирина, когото Федор злобно съобщава за красавицата Мстиславская, когото е видял в църквата, и веднага уверява царицата, че тя е по-красива за него от всички останали. Годунов говори за желание да се помири с Шуйски и царят с удоволствие се заеме с въпроса.
Федор обявява намерението си да примири Годунов с Шуйски и моли за помощ от митрополит Дионисий и други духовници. Дионисий обвинява Годунов, че потиска църквата, снизходителен към еретиците и възобновява събирането на данъци, от които е освободена църквата. Годунов му представя защитни писма и доклади за извършеното преследване на ерес. Царят моли за подкрепа от Ирина и болярите. Придружен от народния ентусиазъм, идва Иван Петрович Шуйски. Федор го упреква, че не е посетил Думата, Шуйски е обезкуражен от невъзможността да асимилира Годунов. Фьодор, спомняйки си Писанията и призовавайки духовници за свидетели, говори за ползите от помирението, а Годунов, послушен към него, предлага съгласието на Шуйски. Шуйски го упреква, че не иска да споделя държавния контрол, което Йоан завещава на петима боляри: Захарин (починал), Мстиславски (насилствено постриган), Белски (в изгнание), Годунов и Шуйски. Годунов, оправдавайки се, говори за арогантността на Шуйски, че той е използвал единствената сила в полза на Русия, което също се доказва от; той добавя, че трудната задача да постави в състояние на разочаровано състояние беше само Шуйски. И когато Иван Петрович се обажда на своя привърженик митрополит, той докладва за действията на Годунов в полза на църквата и убеждава Шуйски в мир. Ирина, показвайки бродираната си покривка за Псковската светиня, признава, че това е нейният молитвен обет за спасението на Шуйски, някога обсаден от литовци в Псков. Развълнуван Шуйски е готов да забрави предишната си вражда, но изисква от Годунов гаранции за сигурност за своите сътрудници. Годунов се кълне и целува кръста. Те канят избраните от тълпата, донесена от Шуйски. Фьодор говори със стареца и не знае как да го спре, в племенника си разпознава търговеца Красилников, който го забавляваше наскоро с битка с мечка, припомня брат си Голуб, който побеждава Шаховски в юмруци - Годунов и Шуйски не успяха веднага да върнат царя на онова, за което бяха призовани избраниците , Шуйски съобщава за помирение с Годунов, търговците се притесняват („Примирявате ни главите“), Шуйски се дразни от недоверието си към човека, току-що положил клетва на кръста. Търговците молят за защита от царя Годунов, но той ги изпраща при Борис. Борис тихо заповядва да запишат имената на търговците.
През нощта в градината на Шуйски принцеса Мстиславская и Василиса Волохова чакат Шаховски. Той идва, говори за любовта, за нетърпението, с което сватбата очаква, смее я и се шегува с нея. Красилников влиза, пуска се, Шаховски се скрива, обажда се на Иван Петрович и съобщава, че всеки, който е бил с царя, е заловен по заповед на Годунов. Шокиран Шуйски заповядва на Москва да се издигне до Годунов. Бе намекнал за Димитрий Головин рязко да се откъсне и като каза, че Борис се е измамил в измама, той отишъл при царя. Междувременно останалите боляри обсъждат петицията и търсят нова кралица. Василий Шуйски нарича принцеса Мстиславская. Брат й не реши веднага, като искаше да намери поне причина за кавга с Шаховски. Докато се колебае, Головин записва името на принцесата в петиция. Появява се Шаховская, заявявайки, че няма да се откаже от булката. Намерени са и принцесата и Волохова. С всеобщ вик, взаимни заплахи и упреци Шаховска грабва писмо и бяга. Годунов представя на царските държавни документи, чието съдържание не влиза, но е съгласен с решенията на Борис. Царина Ирина говори за писмо на Углич от кралицата на водите с молба да се върне с Димитрий в Москва. Фьодор поверяваше случая на Борис, но Ирина поиска от него решение на „семейната афера“; Федор спори с Борис и се дразни от упоритостта му. Шуйски идва, оплаква се от Годунов. Той не отключва, обяснявайки, че търговците не са взети за миналото, а за опитите да разстроят света между него и Шуйски. Цар е готов да прости Годунов, вярвайки, че те просто не са се разбрали, но безмилостното искане да остави княза в Углич най-накрая се ядосва на царя. Годунов казва, че той отстъпва на Шуйски, Федор го моли да остане, Шуйски, ранен от поведението на царя, си тръгва. Клешнин носи писмото на Головин Нагим, изпратено от Углич, Годунов го показва на царя с искане Шуйски да бъде взет под стража и, вероятно, екзекутиран. В случай на неуспех той заплашва да напусне. Шокиран Федор след дълго колебание отказва услугите на Годунов.
Иван Петрович Шуйски утешава принцеса Мстиславская: няма да й позволи да се омъжи за царя и се надява Шаховская да не ги информира. Изпращайки принцесата, той приема болярите и бегълците Красилников и Гълъб и, ако приеме отстраняването на обеднялия Федор и интронизацията на Димитър, определя задачите на всеки. Отчужденият Годунов, седнал вкъщи, пита Клешнин за Волохова и многократно повтаря, „така че тя да блуди княза“. Клешнин изпраща Волохов в УГЛИЧ нова майка, нарежда му да бъде защитен и намеква, че ако принцът, страдащ от пади, ще се самоубие, те няма да я помолят. Междувременно Федор не може да разбере представените му документи. Клешнин пристига и съобщава, че Борис се разболял от безсилие и Шуйски трябва незабавно да бъде хвърлен в затвора заради намерението си да издигне Димитър на престола. Федор не вярва. Влиза Шуйски, на когото Федор говори за отказ и го моли да се оправдае. Князът отказва, царят настоява, Клешнин настоява. Шуйски изповядва бунт. Фьодор, уплашен, че Годунов ще накаже Шуйски за държавна измяна, заявява, че самият той е наредил да поставят княза на трона и изтласква шокирания Шуйски от стаята. Шаховска нахлува в кралските стаи и моли да върне булката при него. Федор, като видя подписа на Иван Петрович Шуйски, плаче и не слуша аргументите на Ирина за абсурдността на вестника. Защитавайки Ирина от обиди, той подписва заповедта на Борисов, ужасявайки и нея, и Шаховски. На моста над реката старецът бунтува хората заради Шуйски, хусарът пее за доблестта му. Пратеник се вози с новината за настъплението на татарите. Княз Туренин с стрелци води Шуйски в затвора. Хората, прогонени от стареца, искат да освободят Шуйски, но той говори за вината си пред „светия“ цар и че те заслужават наказание.
Клешнин съобщава на Годунов, че шуйските и техните привърженици са затворени и въвежда Василий Иванович Шуйски. Той обръща въпроса, сякаш е започнал петиция за доброто на Годунов. Разбирайки, че Шуйски е в ръцете му, Годунов го пуска. Царина Ирина идва да ходатайства за Иван Петрович. Годунов, осъзнавайки, че Шуйски няма да спре да спори с него, е непреклонен. На площада пред катедралата просяци говорят за промяна в митрополита, който е неприятен на Годунов, за екзекуцията на търговци, застанали зад Шуйски. Царина Ирина води Мстиславская, за да поиска Шуйски. Федор излиза от катедралата, като отслужи реквием за цар Иван. Принцесата се втурва в краката му. Федор изпраща княз Туренин за Шуйски. Но Туренин съобщава, че Шуйски се е удушил през нощта, обвинява се, че е пренебрегвал (защото победил тълпата, докарана в затвора от Шаховски, и победил само като застрелял Шаховски). Федор се втурва към Туренин, обвинявайки го в убийството на Шуйски, и го заплашва с екзекуция. Пратеникът носи писмо от Углич за смъртта на принца. Шокираният крал иска сам да разбере истината. Идва съобщение за наближаването на хана и ранна обсада на Москва. Годунов предлага да изпрати Клешнин и Василий Шуйски, а Федор е уверен в невинността на Годунов. Принцеса Мстиславская казва, че възнамерява да си подстриже косата. По съвет на съпругата си Фьодор ще прехвърли цялата тежест на управлението на Борис и, като си спомня намерението си да „постигне съгласие за всичко, да изглади всичко“, оплаква съдбата и кралския си дълг.