В къщата на богат скуайър Алвърти, където той живее със сестра си Бриджит, те хвърлят бебе. Сквайър, който преди няколко години загуби жена си и децата си, решава да отгледа дете като свой собствен син. Скоро той успява да намери майката на находката, бедната жена от селото Джени Джоунс. Олверти не успява да научи от нея името на бащата на момчето, но тъй като Джени се разкайва за постъпката си, скуайърът не прехвърля делото в съда, а само изгонва Джени от родните си места, като преди това й е отпуснала голяма сума. Алверти продължава да търси бащата на детето. Подозрението му пада върху селския учител Партридж, от когото Джени взимаше уроци по латиница дълго време. По настояване на Olverty делото е изправено пред съда. Съпругата на учителя, която отдавна го ревнуваше заради Джени, обвинява мъжа си за всички смъртни грехове и никой не се съмнява, че учителят е баща на момчето. Въпреки че самият Партридж отрича връзката му с Джени, той е признат за виновен и Алвърти го изгонва от селото.
Сестрата на Скуайър, Бриджит, се омъжва за капитан Блайт и те имат син. Том Джоунс, млад мъж, спечелил любовта на Алвърти, е възпитан с младия Блайт, но алчният и завистлив капитан, опасяващ се, че късметът на Алвърти ще премине на младежа, мрази го, опитвайки се да клевети момчето в очите на именования си баща по всякакъв начин. След известно време капитанът внезапно умира, а Бриджит става вдовица. От ранна възраст Том не се различава в примерно поведение. За разлика от Blyfil - отвъд годините на сдържан, благочестив и усърден - Том не проявява усърдие в проучванията си и пакостите му постоянно смущават Алвърти и Бриджит. Въпреки това всички в къщата обичат млад мъж заради неговата доброта и отзивчивост. Blyfil никога не участва в игрите на Том, но осъжда неговите трикове и не пропуска шанса да подаде сигнал за неподходящо забавление. Но Том никога не се ядосва на него и искрено обича Блифил като брат.
От детството си Том се сприятелява със София, дъщерята на съседа на Алвърти, богат западен скуайър. Те прекарват много време заедно и стават неразделни приятели.
За възпитанието на младите мъже Алверти кани в къщата богослова Туаком и философа Скуайър, които предявяват едно изискване пред своите ученици: те трябва безпроблемно да набиват уроците си и да нямат собствено мнение. Още от първите дни Блифил завладява съчувствието им, тъй като внимателно запомня всичките им инструкции. Но Том не се интересува от повтаряне на общи истини след арогантни и арогантни преподаватели и той намира други дейности за себе си.
Том прекарва цялото си свободно време в къщата на просяк страж, чието семейство умира от глад. Младият мъж, доколкото е възможно, се опитва да помогне на нещастните, като им дава всичките си джобни пари. След като научил, че Том продал своята Библия и кон, подарени му от Алверти, и дал парите на семейството на стражаря, Блифил и двамата учители ядосали младежа в гняв, смятайки неговото дело за достойно порицание, докато Алвърти е трогнат от добротата на любимата си. Има и друга причина, която кара Том да прекарва толкова много време със семейството на стражаря: той е влюбен в Моли, една от дъщерите му. Безгрижно и несериозно момиче веднага поема ухажването му и скоро семейството й научава, че Моли е бременна. Това съобщение се разпространява мигновено в графството. София Уестърн, която отдавна обича Том, е отчаяна. Той, свикнал да вижда в нея само приятелката на детските му игри, едва сега забелязва как цъфти. Непознат за себе си, Том все повече се привързва към момичето и с течение на времето тази привързаност се развива в любов. Том е дълбоко недоволен, защото осъзнава, че сега е длъжен да се ожени за Моли. Обаче нещата се превръщат в неочакван обрат: Том хваща Моли в прегръдките на своя учител, философа Сквайър. След известно време Том научава, че Моли изобщо не е бременна от него и затова счита себе си свободна от каквито и да било задължения към нея.
Междувременно Squire Alverty е тежко болен. Усещайки приближаването на края, той дава последните заповеди относно наследството. Само Том, страстно обичащ имената си баща, е неутешим, докато всички останали, включително Блифил, са загрижени само за своя дял в наследството. В къщата пристига пратеник и носи съобщение, че Бриджит Алверти, която отсъства от имението няколко дни, е починала внезапно. До вечерта на същия ден скуайърът става по-лесен и той ясно се възстановява. Том е толкова щастлив, че дори смъртта на Бриджит не може да засенчи радостта му. Искайки да отпразнува възстановяването на посочения баща, той се напива на пиян, което предизвиква осъждане на другите.
Скуиър Уестърн иска да се ожени за дъщеря си за Блифил. Това му се струва изключително печелившо, тъй като Блифил е наследник на по-голямата част от богатството на Алвърти. Дори не се интересува от мнението на дъщеря си. Уестърн бърза да получи съгласие за брак от Алверти. Вече е определен сватбен ден, но неочаквано София за баща си му обявява, че никога няма да стане съпруга на Блифил. Разгневен баща я заключва в стаята, надявайки се, че тя ще промени мнението си.
По това време Блайфил, който тайно мразеше Том още от детството си, защото се страхуваше, че по-голямата част от наследството ще отиде на дете, коварен план узрява. Сгъстявайки го, той разказва на скуайера за недоброжелателното поведение на Том в същия ден, когато Алвърти е близо до смъртта. Тъй като всички слуги бяха свидетели на дивото забавление на подскачащия Том, Блифил успява да убеди клекача, че Том е щастлив от предстоящата си смърт и че скоро ще стане собственик на значителна богатство. Вярвайки на Блифилу, ядосаният катерик прогонва Том от къщата.
Том пише прощално писмо на София, осъзнавайки, че въпреки страстната си любов към нея, сега, когато е обречен на лутане и просяк живот, той няма право да разчита на нейното местоположение и да поиска ръката й. Том напуска имението, като възнамерява да отиде при моряците. София, отчаяна да моли баща си да не се омъжи за нея с омразния Блифил, бяга от дома си.
В провинциален хотел Том случайно среща Партридж, същия учител, който някога Алвърти изпрати от селото си, смятайки го за баща на дете. Партридж убеждава младежа, че е пострадал невинно и моли разрешение да придружи Том по неговите скитания.
На път за град Ъптън Том спасява от ръцете на изнасилвача жена, сигурна госпожа Уотърс. В градския хотел госпожа Уотърс, която веднага хареса красивия Том, лесно го съблазнява.
По това време София, която се отправяше към Лондон, надявайки се да намери подслон със стар приятел на семейството им, също се спря в хотел в Ептън и се радваше да разбере, че Том е сред гостите. Но след като чу, че той й е изневерил, ядосано момиче, като знак, че знае всичко за поведението на любовника си, оставя ръкава си в стаята му и оставя Ъптън в сълзи. По щастливо съвпадение братовчедка на София, г-жа Фицпатрик, също отседна в същия хотел, който бе избягал от съпруга си, злодей и развратник. Тя кани София да се скрие заедно от преследвачите си. Всъщност, веднага след бягството на бегълците, разгневеният баща на София и господин Фицпатрик пристигат в хотела.
На сутринта Том осъзнава защо София не иска да го вижда и в отчаяние напуска хотела, надявайки се да настигне любимия си и да получи прошката си.
София намира лейди Беластън в Лондон. Тя посреща сърдечно момичето и като чу тъжната й история, й обещава помощта си.
Том и Партридж също ще пристигнат в Лондон скоро. След дълго търсене Том успява да атакува следата на любовника си, но братовчедката и лейди Белластън му пречат да се срещне със София. Лейди Белластън има свои причини за това: въпреки факта, че е подходяща за майката на Том, тя страстно се влюбва в него и се опитва да съблазни младежа. Том отгатва какво иска дамата от него, но въпреки това той не отказва да се срещне с нея и дори приема пари и подаръци от нея, защото няма избор: първо, той се надява да разбере къде е София, и второ Той няма поминък. Въпреки това, във връзка с лейди Беластън, Том успява да запази дистанцията си. Накрая Том случайно среща любимата си, но тя, като изслуша уверенията за вечна любов и вярност, отхвърля Том, защото не може да му прости за предателство. Том е в отчаяние.
В къщата, където Том и Партридж наемат стая, живее мистър Найтингейл, с когото Том веднага се сприятели. Найтингейл и Нанси - дъщерята на любовницата им, госпожа Милър, се обичат. Том научава от приятел, че Нанси е бременна от него. Но славей не може да се ожени за нея, защото се страхува от баща си, който е намерил богата булка за него и, желаейки да вземе зестрата му, настоява за незабавна сватба. Найтингейлът се подчинява на съдбата и тайно се отдалечава от мисис Милър, оставяйки на Нанси писмо, в което обяснява причините за изчезването си. Том научава от госпожа Милър, че нейната Нанси, която страстно обича Найтингейл, след като получи прощалното си писмо, вече се опитва да се докосне до себе си. Том отива при бащата на фриволния си приятел и му съобщава, че вече е женен за Нанси. Славей-старши се примирява с неизбежността, а госпожа Милър и дъщеря й набързо се подготвят за сватбата. Оттук нататък Нанси и майка й смятат Том за свой спасител.
Лейди Беластън, лудо влюбена в Том, постоянно изисква дати от него. Осъзнавайки колко той й дължи. Том не е в състояние да я откаже. Но нейният тормоз скоро му става непоносим. Младият мъж предлага на приятеля си хитър план: той трябва да й напише писмо с предложение за брак. Тъй като лейди Беластън взема предвид мнението на света и не се осмелява да се омъжи за мъж, който е на половината й възраст, тя ще бъде принудена да откаже Том, а той, възползвайки се от това, ще има право да прекрати всички отношения с нея. Планът успява, но разгневената дама решава да си отмъсти на Том.
София, която все още живее в къщата си, е ухажвана от богатия лорд Феламар. Той й прави предложение, но получава отказ. Хитрата дама Беластън обяснява на господаря, че момичето е влюбено в лош измамник; ако господарът успее да се освободи от своя съперник, сърцето на София ще бъде свободно.
Том посещава г-жа Фицпатрик, за да поговори с нея за София. Излизайки от къщата си, той среща съпруга си. Разгневеният завистник, който най-накрая нападна следата на беглеца и разбра къде живее, взема младежа за любовника си и го обижда. Том е принуден да извади меча си и да приеме предизвикателството. Когато Фицпатрик пада, прободен от меча на Том, те изведнъж са обградени от група от десетки добри събратя. Грабват Том, предават полицая и той отива в затвора. Оказва се, че Феламар изпрати няколко моряци и им нареди да наемат Том на кораба, като им даде да разберат, че той иска да се отърве от него, а те, като хванаха Том по време на двубоя, когато той нарани опонента си, решиха просто да предадат Том на полицията.
Бащата на София, господин Уестърн, идва в Лондон. Той намира дъщеря си и й съобщава, че докато Алвърти и Блифил пристигнат, момичето ще бъде под домашен арест и ще чака сватбата. Лейди Белластън, решила да си отмъсти на Том, показва на София писмото си с предложение за брак. Скоро момичето научава, че Том е обвинен в убийство и е в затвора. Алвърти пристига с племенника си и се спира на госпожа Милър. Олверти е нейният дългогодишен благодетел, той винаги помагаше на бедната жена, когато съпругът й почина, а тя остана без средства с две малки деца на ръце. Като научи, че Том е осиновеният син на скуайър, госпожа Милър му разказва за благородството на младежа. Но Алверти все още вярва в клевета и възхвалените от него похвали не го докосват.
Найтингейл, госпожа Милър и Партридж често посещават Том в затвора. Скоро същата госпожа Уотърс стигна до него, случайна връзка, с която доведе до кавга със София. След като Том напусна Елтън, госпожа Уотърс се срещна там с Фицпатрик, стана му любовница и си тръгна с него. Научавайки се от Фицпатрик за скорошната му среща с Том, тя побърза да посети злополучния затворник. Том се облекчава да научи, че Fitzpatrick е безопасен и здрав. Партридж, който също дойде да посети Том, му казва, че жената, която нарича себе си госпожа Уотърс, всъщност е Джени Джоунс, майката на Том. Том се ужасява: съгреши със собствената си майка. Партридж, който никога не е знаел как да затвори устата си, казва на Алвърти за това и той веднага се обажда на госпожа Уотърс при нея. Представяйки се на бившия си господар и научи от него, че Том е същото бебе, което тя хвърли в къщата на скуайерите, Джени най-накрая решава да разкаже на Алвърти за всичко, което знае. Оказва се, че нито тя, нито Партридж са замесени в раждането на дете. Бащата на Том е син на приятел на Алвърти, който някога е живял в къщата на скуайерите една година и умира от едра шарка, а майка му е не другая, освен сестрата на клека, Бриджит. Страхувайки се да осъди брат си, Бриджит крие от него, че е родила дете, и за голяма такса убедила Джени да хвърли момчето в къщата им. Старият слуга на Алвърти, след като чул, че скуайърът е научил цялата истина, признава на собственика, че Бриджит на смъртното си легло разкрива тайната си и пише писмо до брат му, което той връчва на господин Блифил, тъй като в този момент Алверти е в безсъзнание. Едва сега Алвърти се досеща за предателството на Блифил, който, желаейки да завладее състоянието на клек, скри от него, че той и Том са братя и сестри. Alverty скоро получава писмо от бивш учител за момчета, философа Squire. В него той казва на сквайъра, че той лежи близо до смъртта и счита за свой дълг да му каже цялата истина. Сквайърът, който никога не е обичал Том, искрено се разкайва: знаеше, че Блифил клевети Том, но вместо да излага Блифил, предпочита да мълчи. Алверти открива, че един Том е бил неутешим, когато клекът е бил между живота и смъртта, а причината за такава нескромна радост на младежа е било само възстановяването на неговия име.
Научил цялата истина за племенника си, Алверти искрено се разкайва за всичко случило се и проклина неблагодарния Блифил. Тъй като Фицпатрик не е повдигнал обвинение на Том, той е освободен от затвора. Алверти се извинява на Том, но благородният Том обвинява сквайъра за нищо.
Найтингейл казва на София, че Том няма да се ожени за лейди Беластън, защото именно той, Найтингейл, подкани Том да й напише писмото, което видя. Том идва при София и отново я моли за ръка. Squire Western, научавайки за намерението на Alverti да направи Том негов наследник, с удоволствие дава съгласието си за техния брак. След сватбата влюбените заминават за селото и живеят щастливо далеч от суматохата на града.