Лирическият роман - най-голямото произведение на писателя - е написан в епистоларна форма. Името на главния герой - Хиперион - се отнася до образа на титана, бащата на слънчевия бог Хелиос, чието митологично име означава Високоседящ. Изглежда, че действието на романа, който представлява своеобразна „духовна одисея” на героя, се случва извън времето, въпреки че арена на събитията е Гърция от втората половина на 18 век, която е под турското иго (това се посочва от препратките към въстанието в морето и битката при Чешме в 1770).
След изпитанията, които паднаха на неговия жребий, Хиперион се отклони от участието в борбата за независимост на Гърция, той загуби надежда за предстоящото освобождение на родината си, той разпозна безсилието си в съвременния живот. Оттук нататък той избра пътя на усамотението за себе си. Имайки възможност отново да се върне в Гърция, Хиперион се установява на Коринтския провлак, откъдето пише писма до своя приятел Белармин, който живее в Германия.
Изглежда, че Хиперион постигна желаното, но съзерцателно отшелничество също не носи удовлетворение, природата вече не отваря ръце към него, той, винаги нетърпелив да се слее с нея, изведнъж се чувства непознат, не я разбира. Изглежда, че не му е предопределено да намира хармония нито в себе си, нито извън него.
В отговор на молбите на Белармин, Хиперион му пише за детството си, прекарано на остров Тинос, за мечтите и надеждите на онова време. Той разкрива вътрешния свят на богато надарен тийнейджър, необичайно чувствителен към красотата и поезията.
Огромно влияние върху формирането на възгледите на младежа оказва неговият учител Адамас. Хиперион живее в дните на горчив упадък и национално поробване на страната си. Адамас внушава на ученика усещане за възхищение към древната епоха, посещава величествените руини на някогашната слава, говори за доблестта и мъдростта на великите предци. Хиперион преживява трудно раздяла с любимия си наставник.
Изпълнен с духовна сила и високи импулси, Хиперион заминава за Смирна, за да изучава военните дела и навигацията. Той е извисен, копнее за красота и справедливост, непрекъснато се сблъсква с човешкото двуличие и изпада в отчаяние. Истински успех е среща с Алабанда, в която той намира близък приятел. Младите мъже се радват на младостта, надеждата за бъдещето, обединени са от високата идея да освободят родината си, защото живеят в разкаяна страна и не могат да се примирят с това. Техните възгледи и интереси са до голяма степен близки, те не смятат да бъдат като роби, които обичайно се отдават на сладък шамар, обзети са от жажда за действие. Тук се разкрива несъответствието. Алабанда - човек с практически действия и героични импулси - постоянно преследва идеята за необходимостта от „взривяване на гнили пънове“. Хиперион обаче настоява, че е необходимо да се възпитават хората под знака на „теокрация на красотата“. Алабанда нарича подобни разсъждения празни фантазии, приятелите се карат и се разделят.
Хиперион преживява поредната криза, връща се у дома, но светът наоколо е избелен, той заминава за Калавия, където комуникацията с красотите на средиземноморската природа отново го събужда към живота.
Приятелят на Нотар го води в същата къща, където се среща с любовта му. Диомита му се струва божествено красива, той вижда в нея необичайно хармонична природа. Любовта обединява душите им. Момичето е убедено във високия призив на своя избраник - да бъде „възпитател на народа” и да води борбата на патриотите. И все пак Диомита е против насилието, дори да създаде свободна държава. И Хиперион се радва на щастието, което му е дошло, придоби душевно спокойствие, но предвижда трагичното развръщане на идилията.
Той получава писмо от Алабанда с послание за предстоящата реч на гръцките патриоти. Сбогувайки се с любовника си, Хиперион бърза да се присъедини към редиците на борците за освобождението на Гърция. Той е пълен с надежда за победа, но е победен. Причината е не само безсилието пред военната мощ на турците, но и раздорът с онези около тях, сблъсъкът на идеала с ежедневната реалност: Хиперион усеща невъзможността да засади рая с помощта на банда разбойници - войници на освободителната армия извършват грабежи и кланета и нищо не може да бъде ограничено.
Решил, че няма нищо по-общо със своите сънародници, Хиперион влиза в службата в руския флот. Оттук нататък съдбата на изгнанието го очаква, дори собственият му баща го проклина. Разочарован, морално изстрадан, той търси смърт в битката за Чешково море, но остава жив.
След като подаде оставка, той възнамерява най-накрая спокойно да се излекува с Диомита някъде в Алпите или Пиренеите, но получава вест за нейната смърт и остава неутешим.
След много странствания Хиперион се озовава в Германия, където живее от доста време. Но преобладаващата там реакция и изостаналост му се струва задушаваща, в писмо до приятел той саркастично говори за лъжливостта на умиращ обществен ред, липсата на граждански чувства на немците, дребнавостта на желанията, примиряването с реалността.
Веднъж учителят Адамас предсказал на Хиперион, че такива природи като него са обречени на самота, скитане, на вечно недоволство от себе си.
И Гърция е победена. Диомита е мъртъв. Хиперион живее в хижа на остров Саламис, сортирайки спомени от миналото, скърбящи за загуби, неосъществимост на идеалите, опитвайки се да преодолее вътрешния раздор, изпитва горчиво чувство на меланхолия. Струва му се, че той изплати черната неблагодарност на майката земя, пренебрегвайки живота си и всички дарове на любовта, които тя пропиля. Съдбата му е съзерцание и философстване, както и преди той остава верен на пантеистичната идея за връзката на човека и природата.
